C
分析:根據角平分線性質推出EG=AE,根據三角形內角和定理和角的計算求出∠ABC+∠BAD=90°,∠C+∠ABC=90°,推出∠C=∠BAD,根據三角形外角性質得出∠AFE=∠AEF,推出AE=AF,過F作FM⊥AB于M,根據角平分線性質得出FM=FD,根據斜邊大于直角邊即可推出AF>FD(FM).
解答:∵BE平分∠ABC,∠BAC=90°,AD⊥BC,
∴AE=EG,∴①正確;
∵AD⊥BC,∠BAC=90°,
∴∠ADB=∠BAC=90°,
∴∠ABC+∠BAD=90°,∠C+∠ABC=90°,
∴∠C=∠BAD,∴②正確;
∵BE平分∠ABC,
∴∠ABE=∠CBE,
∵∠C=∠BAD,
∴∠BAD+∠ABE=∠C+∠CBE,
即∠AFE=∠AEF,
∴AE=AF,
∴△AEF是等腰三角形,∴③正確;

過F作FM⊥AB于M,
∵BE平分∠ABC,AD⊥BC,
∴FM=FD,
在Rt△AMF中,∠AMF=90°,斜邊AF大于直角邊FM,
∴AF>FD,∴④錯誤;、
即正確的個數是3個.
故選C.
點評:本題考查了三角形內角和定理,角平分線性質,三角形外角性質,等腰三角形的判定的應用,主要考查學生的推理能力.